В 1588 году с северо-востока к Покровскому cобору был пристроен придел, освящённый в честь Василия Блаженного (1469-1552), мощи которого находились на месте постройки собора. Название этого придела дало собору второе, обиходное название. К приделу Василия Блаженного примыкает придел Рождества Пресвятой Богородицы, возведённый над местом погребения блж. Иоанна Московского (сначала был освящён в честь Ризположения, но в 1680 году переосвящён как Рождество-Богородицкий), где покоятся мощи Иоанна Блаженного, обретенные в 1672 году.